Одним із важливих напрямків історичних досліджень Військово-Козацького Департаменту Української Академії Наук є Запорізька Січ. Унікальна багатовікова військово-демократична організація Січі є сутністю і яскравою сторінкою історії козацтва.

Після розпаду Золотої орди Кримське ханство стало справжнім лихом для народу України. Не маючи достатнього економічного підґрунтя для свого існування, ця держава, що знаходилась під протекторатом могутньої Османської імперії, головним економічним чинником свого існування зробила грабіжницькі військові походи та работоргівлю. Десятки, а то й сотні тисяч людей щороку, із своїх набігів уводили татари з України на невільницькі ринки Криму. Після татар залишалися зруйновані, пограбовані та спалені міста і села, тисячі вбитих людей.

Спочатку невеликі загони охочих козаків давали відсіч татарам у Дикому полі, вони несподівано нападали на невеликі загони татарського війська, козацькі дозори попереджували мешканців міст та сіл про підхід татар, щоб вони могли сховатись та врятувати дітей.

У 1506 році першим Гетьманом України було обрано від лицарства Лянцкоронського (родича православного князя Острожського), який з козаками здобув три значні перемоги над турками, татарами, волохами та повернув українські землі біля Дністра і в усті Дніпра (що були захоплені ще при Батиї). У цей період козаки нижче порогів (за порогами) Дніпра зробили засіки та укріплення для постійного перебування і охорони від татар – так виникла Запорізька Січ. Тут залишались тільки холості козаки, яких приваблювала воля та можливість самим обирати своїх ватажків (кошових отаманів). Польський уряд визнав їх корисними і надав їм землі для забезпечення та промислів між річками: Конською, Самарою, Калміусом, Ташликом та Бугом. Формально козаки підпорядковувались Гетьману України.

З 1540 року козаком став нащадок литовських та українських князів Дмитро Вишневецький (Байда), який у 1550 році був затверджений на Черкаське та Канівське староство, яке у 1552 році покинув та зі своїми козаками прибув на Запоріжжя і на острові Хортиця спорудив міцну Січ. З цього часу зі сторожових козацьких загонів було створене Військо Запорозьке низове з головною метою оборони південних рубежів від бусурманів.

Козаки-запорожці отримали безліч славетних перемог над татарами та турками, на своїх чайках захоплювали міста в самій Туреччині, а також пригороди самого Стамбулу. Вини визволяли тисячі поневолених, потопили безліч турецьких галер-каторг і здобули славу кращих вояків Європи. Король польський Стефан Баторій дуже цінив козаків, прирівняв їх до шляхти, письмово затвердив за Запорозьким військом великі земельні території. Хоча робив і деякі утиски козацтву, бо за військові дії запорожців йому постійно погрожував війною турецький султан. Його наступник Сігізмyнд майже сорок років свого правління намагався знищити козацтво і православ’я й остаточно покріпачити Україну. З цих часів Січ стала центром визвольної боротьби, козаки змушені були протидіяти не тільки бусурманам, а й Польщі.

 

Військо Запорозьке споконвіку (тобто з часів що пам’ятають старики) поділялось на 38 куренів:

 

 

 

 
Назви куреням давали на згадку про міста, з яких вийшли на Запоріжжя перші козаки або на честь славних курінних отаманів.

Кожен рік – 1-го січня – запорожці обирали або переобирали курінних отаманів простою більшістю голосів. Після цього обирали кошового отамана, військового суддю та іншу старшину, все відкрито і прозоро.

Важливе значення для існування Січі завжди мав Великий Луг – величезна територія уздовж Дніпра униз від острова Хортиця, довжиною майже 200 кілометрів та завширшки від 5 до 40 кілометрів. Великий Луг складався із безлічі річок, проток, озер, лиманів та островів, зарослих лісом та очеретом. Він завжди захищав запорожців від небезпеки, знайти їх там ворогам було неможливо. Та й сама Січ здебільшого розташовувалась у скритих місцях Великого лугу: на Томаківському острові, Микитиному розі або в усті Чортомлику. Крім того, Великий Луг годував козаків – був невичерпним джерелом. Риби було стільки, що в період нересту, якщо в будь-якій річці чи озері Великого Лугу встромити у воду списа, то він не падав, його утримували тіла риби, якщо увійти в очерет та гучно крикнути, то стріляй собі просто неба, обов’язково влучиш у гуску, бабу (пелікана), глухаря або іншу дичину, бо птиця покривала все небо. Дичини – різних кіз, косуль було стільки, що її легко добували навіть діти. А меду дикі бджоли приносили так багато, що запорожці вживали його невелику частину. Завдяки Великому Лугу козаки завжди мали багато провізії, хоча лише невелику частку її залишали собі,  решту ж продавали навіть у далекі країни, вимінювали на зброю та набої. Вони берегли ці скарби, молодняк не займали, видобували не більше, ніж треба. Це вже потім, після зруйнування Січі та створення губерній прийшли орендарі та почали вибивати птицю та звіра, варварськи винищувати це багатство, вирубати багатовікові ліси, з дерев яких козаки робили свої славетні чайки. Аж поки радянська влада вже зовсім не затопила майже весь Великий Луг Каховським водосховищем.

Науковці Військово-Козацького Департаменту проводить постійні наукові дослідження Січі: її історії та звичаїв, видатних особистостей, бо козацька доба зберігає ще багато таємниць.

Запорозька Січ завжди була енергетичним центром України: і визвольна війна Богдана Хмельницького 1648-1654 років почалася саме звідсіля. Запорожці прославились у Франції, і німецький імператор запрошував їх як кращих вояків підтримати його у війні з турками.

Політика закріпачення, яку проводив російський цар Петро І, змусила запорожців підтримати шведського короля Карла ХІІ (після Переяславської ради Польща знову почала військові дії проти України, від Росії допомоги майже не було, і у 1656 році Богдан Хмельницький заключив військовий союз з Швецією про спільні дії проти Польщі, тому запорожці вважали шведів союзниками). Петро І наказав знищити Січ. Російський полковник Яковлєв зі значною військовою силою захопив Січ, коли там було лише кілька сотень старих козаків, які героїчно загинули захищаючи Січ, а частина з них врятувалася у плавнях Великого Лугу. Після Полтавської битви, запорожці відступили до Переволочної, і тільки відсутність керівництва (яке подалось на чолі з Мазепою до Бендер) не дало їм змоги надати відсіч незначним силам, настиглого їх Меншикова.

Запорожці заснували Олешківську Січ біля устя Дніпра, у володіннях кримського хана. І лише у 1734 році козаки, з дозволу імператриці Ганни Іоанівни, повернулися на Базавлуг (західну частину Великого Лугу), де заснували Нову Січ.

Січовики завжди славно воювали з татарами та турками, яких, без їх допомоги, росіяни не могли здолати, тому вважали, що російський уряд не зачепить їх вольностей.

Російська влада потроху забирала запорозькі землі, поселяла там сербів та німців, та після приєднання у 1772 році до Росії Кримського ханства Катерина ІІ наказала знищити Січ. У 1775 році Січ була оточена майже 70-тисячним російським військом під проводом генерала Текеля. На Січі в той час було близько чотирьох тисяч козаків (ще шість тисяч знаходились на промислах, взагалі Військо Запорозьке майже ніколи не перевищувало 10 тисяч, воювало великим вмінням, а не кількістю, перемагаючи в багато разів чисельніших супротивників). Козаки вирішили битися, не віддавати на поругу Матір – Січ, і тільки втручання січового архімандрита Володимира, який закликав не проливати православної крові, змусило більшість козаків назавжди покинути Січ таємними шляхами Батька – Великого Лугу.

Але то була не та організація, яка могла б так просто зникнути. Більшість козаків перейшла Дунай і заснувала Задунайську Січ в його дельті (яка проіснувала до 1828 року), у володіннях турецького султана. Султан не притискав козаків, навпаки – не втручався у їхні справи, надавав порох та гроші, хотів бачити їх заслоном проти Росії, що швидко набирала міць. Задунайська Січ жила за січовими стародавніми звичаями та вольностями, кількість козаків тут зростала за рахунок біженців від закріпачення з України, де всі січові землі були роздані російським магнатам – землевласникам, а люди закріпачувались або тікали. Частина козаків, що залишилася в Україні, створила Чорноморське військо та отримало землі між Бугом та Дністром. Козаки-чорноморці славно воювали з турками О.Суворов називав їх кращою легкою кавалерією в світі. Але після війни землі у Чорноморського війська було відібрано, роздано поміщикам створеної Новоросійської губернії, а козакам дали землі на Кубані, на кордоні з черкесами. Згодом вони стали частиною Кубанського козацького війська.

Наші вчені досліджують і запорізькі традиції, що збереглися на Кубані, і пам’ятки перебування козаків у Задунайській Січі, сутність козаків – характерників, причини їх стійкості та перемог.

Саме на Запоріжжі виникло побратимство – коли козаки ріднились духовно, обмінювались натільними хрестами, разом ділили шматок хліба, поруч билися і захищали один одного від смерті свої тілом; якщо козака вбивали, то побратим ставав за нього месником. Історія зберегла багаточисельні факти, коли козаки, відшукавши свого побратима в неволі, віддавались самі на каторгу з тим, щоб відпустили побратима на волю. Побратимство давало запорожцям великої сили, це одна із причин їхньої непереможності й того, що вони рідко потрапляли в полон.

В постійних битвах в Україні гинули люди, тому було багато дітей-сиріт, багатьох із них запорожці брали на Січ, виховували з них джур, а з часом гідних козаків.    

З дослідженням Запорозької Січі приходить розуміння могутності людини, її звитяги й віри, великої духовної сили, яку їй подарував Господь. Розуміння того, чому Наполеон Бонапарт на острові святої Єлени, незадовго до своєї смерті сказав, що головною причиною його поразки в Росії та краху його імперії  були саме козаки.